Pułk Ochrony wchodzi w skład odrębnego komponentu Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polski o nazwie Dowództwo Garnizonu Warszawa, które pozostaje poza strukturą rodzajów sił zbrojnych. Dowództwo Garnizonu Warszawa przeznaczone jest do kompleksowego zabezpieczenia funkcjonowania komórek organizacyjnych Ministerstwa Obrony Narodowej oraz wypełniania funkcji garnizonowych i reprezentacyjnych podczas uroczystości państwowych i wojskowych. Całokształtem życia i działalności pułku kieruje w oparciu o zasadę jednoosobowego dowodzenia dowódca pułku, podlegający bezpośrednio Dowódcy Garnizonu Warszawa. Dowódca pułku kieruje działalnością pułku przy pomocy zastępcy, szefa sztabu, dowódców batalionów poprzez wyznaczanie zasadniczych celów, stawianie zadań i egzekwowanie ich wykonania.